Crea el Programa de Protección para Víctimas y Testigos de la Ley 975 de 2005, cuya finalidad es salvaguardar la vida, integridad, libertad y seguridad de la población que se encuentre en situación de amenaza o riesgo como consecuencia directa de su participación en calidad de víctima o testigo dentro del proceso de Justicia y Paz. Señala los órganos para la dirección, ejecución, evaluación y seguimiento del Programa, así como las funciones que deberán cumplir; establece así mismo los dispositivos de protección, y las entidades encargadas de ejecutar tales medidas.
 

Crea un Programa de Reparación Individual por vía Administrativa para las Víctimas de los Grupos Armados Organizados al Margen de la Ley, cuyo objeto será conceder un conjunto de medidas de reparaciones individuales a favor de las personas que con anterioridad a la expedición del presente decreto hubieren sufrido violación en sus derechos fundamentales por acción de los grupos armados organizados al margen de la ley a los que se refiere el inciso 2° del artículo 1° de la Ley 975 de 2005. Clasifica las medidas y señala que el otorgamiento de las mismas estará a cargo de la Comisión Nacional de Reparación y Reconciliación, a través de un Comité de Reparaciones Administrativas. Determina el procedimiento para el reconocimiento y aplicación de la reparación individual por vía administrativa.
 

Dicta medidas de atención, asistencia y reparación integral a las víctimas del conflicto armado interno. Además tiene por objeto establecer un conjunto de medidas judiciales, administrativas, sociales y económicas, individuales y colectivas, en beneficio de las víctimas, dentro de un marco de justicia transicional, que posibilite hacer efectivo el goce de sus derechos a la verdad, la justicia y la reparación con garantía de no repetición. Por último define ¿víctimas¿ aquellas personas que individual o colectivamente hayan sufrido un daño por hechos ocurridos a partir del 1º de enero de 1985 y establece también los principios generales. (arts. 1 a 34).
 

Establece instrumentos jurídicos de justicia transicional en el marco del artículo 22 de la Constitución Política. La Constitución Política contiene un artículo transitorio el cual es el 66 haciendo referencia a los instrumentos de justicia transicional serán excepcionales y tendrán como finalidad prevalente facilitar la terminación del conflicto armado interno y el logro de la paz estable y duradera, con garantías de no repetición y de seguridad para todos los colombianos; y garantizarán en el mayor nivel posible, los derechos de las víctimas a la verdad, la justicia y la reparación. Por otro lado en los casos de la aplicación de instrumentos de justicia transicional a grupos armados al margen de la ley que hayan participado en las hostilidades, esta se limitará a quienes se desmovilicen colectivamente en el marco de un acuerdo de paz o a quienes se desmovilicen de manera individual de conformidad con los procedimientos establecidos y con la autorización del Gobierno Nacional.
 

La Sala Concluyó que en virtud de los instrumentos de Derechos Humanos y del Derecho Internacional Humanitario, y los pronunciamientos de sus intérpretes, es legítimo que se dé una aplicación especial a las reglas de juzgamiento, siempre y cuando se asegure que, como mínimo, se enjuiciarán aquellos delitos. En cuanto a imputar los delitos solo a sus máximos responsables, la Corte consideró que el Estado no renuncia a sus obligaciones por las siguientes razones: (i) la concentración de la responsabilidad en los máximos responsables no implica que se dejen de investigar todos los delitos de lesa humanidad, genocidio y crímenes de guerra cometidos de manera sistemática, sino que permite que sean imputados solo a quienes cumplieron un rol esencial en su comisión; y (ii) se contribuye eficazmente a desvertebrar macroestructuras de criminalidad y revelar patrones de violaciones masivas de derechos humanos, asegurando en últimas la no repetición. Para que sea aplicable el Marco Jurídico para la Paz es necesario exigir la terminación del conflicto armado respecto del grupo desmovilizado colectivamente, la entrega de las armas y la no comisión de nuevos delitos en los casos de desmovilización individual.