De conformidad con el parágrafo del artículo tercero de la ley 909 de 2004, esta se aplica en forma transitoria a los empleados de las contralorías territoriales, en cuanto regula el conjunto de relaciones jurídicas de la carrera administrativa especial. La Comisión Nacional del Servicio Civil no es competente para administrar y vigilar la carrera administrativa especial de las contralorías territoriales, de conformidad con la prohibición expresa del artículo 130 de la Constitución Política. Deben ser las asambleas departamentales y los concejos municipales (en donde haya contralorías) quienes determinen las dependencias que administren y dirijan la carrera administrativa en estas entidades de control, correspondiéndoles a las corporaciones antes mencionadas, mientras se expida la ley que regule la carrera especial de las contralorías territoriales, señalar la dependencia encargada de definir y establecer, con aplicación de las normas de la carrera general, los instrumentos de evaluación de sus funcionarios. La ley especial que se expida al efecto, puede, respetando la autonomía departamental y municipal, definir el sistema de evaluación propio de esta carrera.
 

El Consejo de Estado se pronunció respecto a la pregunta sobre si de conformidad con el parágrafo 2º , artículo 3º de la Ley 909 de 2004, la Contraloría de Bogotá D.C , con régimen especial de carrera administrativa, debe efectuar todos los trámites y solicitudes ante la Comisión Nacional del Servicio Civil para dar aplicación integra a la precitada ley, en los siguientes términos: ¿No. Por que la Comisión Nacional del Servicio Civil carece de competencia para regular o aprobar cualquier tema referente a regímenes especiales de carrera administrativa, entre los cuales está el de las contralorías territoriales y por ende el de la Contraloría de Bogotá D.C¿ En complemento de la respuesta y respecto a la entidad competente para administrar el régimen de carrera el Concejo manifestó: ¿Mientras se expide la Ley que regule el régimen de carrera administrativa para las entidades territoriales o en particular para la Contraloría de Bogotá D.C, la dependencia que el Concejo Distrital cree dentro de ese organismo dará aplicación a las disposiciones de la Ley 909 de 2004 para que los empleos de carrera se provean mediante concurso, expidiendo las reglamentaciones que sean necesarias.¿
 

¿Si bien es cierto a que la administración y vigilancia del sistema especial de carrera administrativa es competencia de las mismas contralorías territoriales por disposición constitucional, también es cierto que, mientras se expide la Ley especial, la Ley 909 de 2004 dispuso que la Comisión Nacional del Servicio Civil pueda extender su campo de acción a las Contralorías Territoriales con el propósito de salvaguardar los fines esenciales del estado y propender por la eficiencia en la gestión del mismo. Por lo anterior, declaró que la Comisión Nacional del Servicio Civil es competente para realizar la convocatoria pública que tiene como propósito proveer por concurso de méritos los empleos de carrera administrativa de dichas contralorías que se encuentran en vacancia definitiva¿.
 

Crea el régimen de carrera especial de los servidores de las Contralorías Territoriales en igualdad de condiciones y promueve el desarrollo integral del personal con el fin de cumplir su misión y objetivos en función de la entidad.