Las presunciones en el ámbito jurídico son de dos tipos: las presunciones legales y las presunciones simples o judiciales también llamadas presunciones de hombre. Dentro de las presunciones legales, se distinguen las presunciones iuris tantum - que admiten prueba en contrario - y las presunciones iuris et de iure - que no admiten prueba en contrario. Cuando se analiza bien cuál es el propósito de las presunciones es factible llegar a la conclusión que las presunciones no son medio de prueba sino que, más bien, son un razonamiento orientado a eximir de la prueba. Se podría decir, en suma, que las presunciones no son un medio de prueba pero sí tienen que ver con la verdad procesal. Los derechos fundamentales pueden verse vulnerados con el diseño legislativo de presunciones. Por ello no es solo recomendable sino que significa una exigencia ineludible realizar un juicio de proporcionalidad para verificar hasta qué punto elevar una valoración o un hecho o una síntesis de ambos a la categoría de presunción - sea iuris tantum o iuris et de iure -, restringe o puede llegar a restringir de manera desproporcionada un derecho fundamental. No basta con que el legislador ordene establecer una presunción. Deben existir elementos lógicos, fácticos y valorativos suficientes que permitan hacer compatible la configuración de presunciones con la justicia, con el debido proceso y con la eficacia.
 

Al haberse planteado cargos contra el parágrafo 3 del artículo 97 de la Ley 1474 de 2011, por vulnerar el principio de legalidad (art. 29 C.P.), y contra el artículo 118 de la misma ley, por desconocer la presunción de inocencia (art. 29 C.P.), la presunción de buena fe (art. 83 C.P.) y la regla constitucional de que sólo las condenas judiciales definitivas tienen la calidad de antecedentes penales y convencionales (art. 248)(...) Prever la aplicación inmediata de normas procesales a procesos de responsabilidad fiscal en curso, al momento de entrar en vigencia la ley que las contiene, no vulnera el principio de legalidad si se dispone el trámite del proceso conforme al procedimiento verbal, cuando no se haya proferido auto de imputación de responsabilidad fiscal. Establecer presunciones legales de dolo y de culpa, para efectos de determinar la culpabilidad en procesos de responsabilidad fiscal, no vulnera la presunción de inocencia ni el principio de la buena fe, si dichas presunciones buscan dar seguridad a situaciones relevantes, protegen bienes jurídicos valiosos y no contravienen la lógica y la experiencia. Presumir el dolo de una persona cuando, por los mismos hechos o daños que sirven de base para el proceso de responsabilidad fiscal, ésta ha sido condenada por la justicia o sancionada por una autoridad disciplinaria, por haber cometido con dolo un delito o una falta disciplinaria, no desconoce la presunción de inocencia, el principio de buena fe y la regla sobre antecedentes penales y contravencionales prevista en el artículo 248 de la Constitución.
 

Establece que la competencia de los jueces para conocer de procesos judiciales cuenta con la presunción de imparcialidad en el marco de los artículos 6, 29 y 83 de la Constitución Política de Colombia, no obstante agrega que dicha presunción puede ser desvirtuada, siempre y cuando se demuestre la parcialidad del juez.