Tiene como objeto fomentar, fortalecer y articular acciones para la convivencia escolar, garantizar la protección integral de los niños, niñas y adolescentes, defender la educación en y para la paz, promover el desarrollo de estrategias, programas y actividades para que las entidades en los diferentes niveles del Sistema y los establecimientos educativos
 

El Sistema tiene, en términos generales, los siguientes objetivos: i) fomentar y fortalecer la convivencia escolar y el ejercicio de los derechos humanos, sexuales y reproductivos de los niños y niñas; ii) garantizar su protección integral en espacios educativos a través de la puesta en marcha y el seguimiento de la ruta de atención integral; iii) prevenir, detectar y atender los casos de violencia escolar, acoso escolar o vulneración de derechos sexuales y reproductivos; y iv) desarrollar mecanismos de detección temprana y denuncia de todas aquellas conductas que atentan contra la convivencia escolar.