Las funciones de la Fiscalía General Penal Militar y Policial se cumplen a través del Fiscal General Penal Militar y Policial, de los Fiscales Penales Militares y Policiales Delegados ante el Tribunal Superior Militar y Policial, de los Fiscales Penales Militares y Policiales Delegados ante los Jueces Penales Militares y Policiales y del Cuerpo Técnico de Investigación de la Justicia Penal Militar y Policial. Éstas son las de asumir investigaciones, coordinar, dirige y controla el desarrollo de la función investigativa y acusatoria, coordina con otros organismos que ejerzan funciones de policía judicial, elaborara el manual de funciones de la Fiscalía General Penal Militar y Policial y del Cuerpo Técnico de Investigación de la Justicia Penal Militar y Policial, expide los reglamentos, órdenes, circulares y manuales de procedimiento y de normas técnicas, entre otras.