El principio de autonomía de las comunidades indígenas y afro tiene el derecho a gobernarse a sí mismas y determinar su propio destino. En el ámbito de la etnoeducación es entendida como el derecho de los grupos étnicos para desarrollar sus procesos etnoeducativos (art. 2, Decreto 804 de 1995 Por medio del cual se reglamenta la atención educativa para grupos étnicos.
 

La jurisdicción indígena fue consagrada en el artículo 246 de la Constitución y se funda en la autonomía de los pueblos indígenas, en la diversidad étnica y cultural (art.7CP), en el respeto al pluralismo y en la dignidad humana (art.1 CP). Así mismo, también es reconocida en diversas normas del Convenio 169 de la OIT que hace parte del bloque de constitucionalidad como su artículo 9º, según el cual: En la medida en que ello sea compatible con el sistema jurídico nacional y con los derechos humanos internacionalmente reconocidos, deberán respetarse los métodos a los que los pueblos interesados ocurren tradicionalmente para la represión de los delitos cometidos por sus miembros.
 

Las comunidades indígenas son entidades territoriales que gozan de una amplia autonomía administrativa, presupuestal y financiera dentro de sus territorios, puesto que se reconoce el derecho a elegir sus propias autoridades, las que pueden ejercer funciones jurisdiccionales dentro de su ámbito territorial. No obstante, la autonomía política y jurídica reconocida a las comunidades indígenas por el constituyente, por su parte, debe ejercerse dentro de los estrictos parámetros señalados por el mismo texto constitucional. En relación con posibles interpretaciones restrictivas, la Corte Constitucional estableció reglas que tiene como objetivo la armonización de la autonomía de las comunidades indígenas y con los derechos individuales de los miembros. Las mismas buscan conciliar los dos polos en tensión y permiten avanzar en elementos que permiten fijar los límites de las parcialidades cuando toman decisiones que afectan a sus miembros.