La Corte Constitucional analiza la vigencia y el alcance del artículo 56 transitorio de la Constitución Política, el cual faculta al Presidente de la República para dictar normas relativas al funcionamiento y coordinación de los territorios indígenas mientras el Congreso expide la ley orgánica definitiva. Enfatizando en: 1. Reconocimiento de autoridades ambientales: Se analiza la condición de las autoridades indígenas como gestoras legítimas de sus territorios en materia ecológica, derivado de sus sistemas de conocimiento tradicional, la Constitución y el Convenio 169 de la OIT.
 

La Corte Constitucional reconoce el derecho de los pueblos indígenas a gobernarse por sus propios usos, costumbres y la "Ley de Origen". La Corte establece que la autonomía no es absoluta y encuentra su límite en los derechos humanos y la dignidad humana. Prácticas que involucren tratos crueles, inhumanos o degradantes como las agresiones físicas en rituales ajenos a las costumbres propias exceden estos límites. Se delimita la competencia de las autoridades tradicionales para resolver conflictos internos, siempre que no vulneren garantías fundamentales de sujetos de especial protección.
 

La Corte Constitucional resuelve la tensión entre el autogobierno de los pueblos indígenas y los derechos de sus integrantes bajo los siguientes criterios: 1. Mandato de maximización de autonomía: Se reconoce la facultad de las comunidades para fijar sus propios usos y costumbres y gestionar su sistema de salud. 2. Límites a la autonomía: Este principio debe ceder ante el "núcleo duro" de los derechos humanos y la prohibición de actos arbitrarios que lesionen la dignidad humana. 3. Prohibición de discriminación y violencia: Impedir el acceso a la IVE a mujeres indígenas, cuando el resto de las mujeres del país tienen ese derecho garantizado, constituye una forma de discriminación étnica y violencia de género.