La Corte Constitucional precisa que la Constitución garantiza la autonomía universitaria, que se traduce en la facultad que tienen las universidades para autodeterminarse y autogobernarse sin la intromisión de poderes externos. Esta autonomía se manifiesta no sólo en el ámbito académico, como expresión de la libertad de pensamiento y del pluralismo ideológico plasmado en la Carta Política, sino en el aspecto administrativo y financiero, de forma que se autodetermine en todo lo relacionado con la organización interna del ente, lo cual implica verificar y completar la idea manejar su presupuesto y sus recursos. En este sentido, la autonomía está determinada por el campo de acción de las universidades, que se manifiesta en la libertad para: (1) darse sus propios estatutos; (2) fijar las pautas para el nombramiento y designación de sus profesores, autoridades académicas y administrativas; (3) seleccionar sus alumnos; (4) señalar sus programas académicos y los planes de estudio que regirán su actividad académica, de acuerdo con los parámetros mínimos señalados en la ley, y (5) aprobar y manejar su presupuesto. Las universidades tienen la facultad de distribuir sus recursos según sus necesidades y prioridades, las cuales son definidas de manera autónoma por dichos entes sin intervención alguna por parte de la autoridad pública o del sector privado.
 

La Corte Constitucional ha definido la autonomía universitaria como la capacidad de autorregulación filosófica y de autodeterminación administrativa de la persona jurídica que presta el servicio público de educación superior.La autonomía universitaria es un derecho limitado y complejo. Limitado porque es una garantía para el funcionamiento adecuado de la institución. Es complejo, como quiera que involucra otros derechos de las personas