El Consejo de Estado hace énfasis en Régimen y Procedimiento de Zonas Francas Permanentes. El Procedimiento de Declaratoria: Consta de dos fases: 1. Fase Inicial: Ante la Comisión Intersectorial de Zonas Francas para la aprobación del Plan Maestro de Desarrollo y la emisión del concepto favorable o desfavorable de viabilidad. 2. Segunda Fase: Ante la DIAN (Dirección de Impuestos y Aduanas Nacionales), donde la persona jurídica que pretende ser Usuario Operador presenta la solicitud final, acompañada del concepto de viabilidad y las aprobaciones de la Comisión. La DIAN es la entidad que decide sobre la declaratoria y la autorización del Usuario Operador.
 

Unifica, define, suprime y establece nuevos códigos de operaciones en las zonas francas, atendiendo la adaptación las transiciones normativas y las nuevas dinámicas del comercio exterior.
 

La Corte insiste que resolvió las demandas acumuladas contra varios preceptos del régimen sancionatorio y de decomiso aduanero (Decreto Ley 920 de 2023). La Corte aclaró que la inconstitucionalidad diferida del decreto (dictada en Sentencia C-072 de 2025 con efectos al 20 de junio de 2026) produce cosa juzgada relativa, lo que habilitó un control de fondo sobre los cargos aptos. En primer lugar, declaró INEXEQUIBLE el numeral 1.11 del artículo 36, al concluir que el Gobierno excedió las facultades extraordinarias (artículo 150.10 C.P.) al tipificar el incumplimiento de obligaciones laborales y de seguridad social de las agencias de aduanas como infracción aduanera gravísima, vulnerando la reserva de ley y el debido proceso (principio non bis in idem). En segundo lugar, declaró EXEQUIBLE la sanción de cancelación o suspensión para agencias de aduanas que alteren o sustraigan mercancías (artículo 29, num. 1.1), así como las multas aplicables a usuarios operadores de zonas francas por extravío de bienes (artículo 39, num. 1.2). En tercer lugar, declaró la EXEQUIBILIDAD CONDICIONADA de la sanción automática de cancelación por agenciamiento a personas no ubicables/suplantadas (artículo 36, num. 1.2) o por omitir el reporte de operaciones sospechosas a la UIAF (artículo 36, num. 1.8), en el entendido de que la DIAN no debe aplicar la cancelación de forma intempestiva o automática, sino graduar la medida mediante juicio de proporcionalidad según los criterios del artículo 22 (gravedad del daño, reincidencia y afectación al interés público). Por último, se declaró INHIBIDA frente a los demás cargos por ineptitud sustancial de las demandas.