La Corte Constitucional La Corte define la autonomía universitaria como un principio que protege la potestad de las instituciones de educación superior para enseñar, investigar y aplicar el conocimiento al servicio de la sociedad con libertad, sin injerencias externas y sobre la base de criterios internos (intelectuales, científicos y críticos). Sin embargo, recalca que esta autonomía no es absoluta y está claramente limitada por el marco constitucional y legal, particularmente por los derechos fundamentales (libertad de conciencia, expresión, igualdad) y, para las universidades públicas, de forma crucial, por el principio de laicidad del Estado. La autonomía, en este sentido, se ejerce dentro de un marco de respeto al pluralismo y la neutralidad religiosa.
 

La Corte Constitucional confirma que, la autonomía universitaria es un principio reconocido en la Constitución que otorga a las universidades la capacidad de autogobernarse, estableciendo sus propias normativas y procedimientos internos. Este principio es fundamental para fomentar un entorno académico libre, donde se puedan desarrollar políticas educativas y administrativas sin interferencias externas. Sin embargo, la Corte resalta que esta autonomía no es absoluta, ya que debe ejercerse dentro de los límites establecidos por la Constitución y respetando los derechos fundamentales de todos los miembros de la comunidad universitaria. La falta de cumplimiento con este principio puede llevar a la violación de derechos esenciales, como se evidenció en el caso de la UESS, donde se hicieron modificaciones y decisiones que comprometieron el debido proceso de las accionantes.