El Consejo de Estado, establece que la justicia penal militar no tiene competencia para investigar y juzgar delitos como la tortura, la desaparición forzada y las ejecuciones extrajudiciales. Estos crímenes rompen el "nexo funcional" con el servicio, por lo que deben ser investigados por la justicia penal ordinaria. Subraya la importancia de un control de convencionalidad por parte de los jueces para garantizar que las violaciones graves de derechos humanos no queden en la impunidad.