Con la expedición de la Ley 715 de 2001, se suprimió el Fondo del Pasivo Prestacional del Sector Salud y los recursos existentes de dicho Fondo fueron trasladados al Ministerio de Hacienda y Crédito Público "de manera que con cargo a dichos recursos se efectúen los pagos correspondientes". Así mismo, los demás recursos que por ley se encontraban destinados al Fondo, fueron entregados al Ministerio de Hacienda para financiar el pago de los pasivos prestacionales de los servidores del sector salud" (Art. 63). Mediante el Decreto Nacional 1338 de 2002, se otorgó un plazo de 5 meses como período de transición para que el Ministerio de Salud entregara y el de Hacienda recibiera la documentación que contiene la información referente a las actuaciones y trámites desarrollados por el Fondo del Pasivo Prestacional. Los valores destinados a financiar la Reserva Pensional de Activos fueron girados en su totalidad al encargo fiduciario que manejaba la Fundación San Juan de Dios. El 20 de diciembre de 2004, el Ministerio de Hacienda y Crédito Público firmó con el Fondo del Pasivo Social de Ferrocarriles Nacionales un Convenio Interadministrativo para administrar y pagar a los pensionados de la Fundación con los recursos que fueran girados para tal fin por parte del Ministerio, éste se obliga mensualmente a situar los recursos correspondientes al valor de la nómina de pensionados enviada por el Director Interventor de la Fundación. Entonces, quien está obligado al pago de la mesada pensional es el Ministerio de Hacienda y Crédito Público, ante el cual se deben adelantar las gestiones de cancelación de la deuda en cumplimiento de los convenios de concurrencia y ante él se debe acudir para que se pague pues es quien ha venido cancelando la nómina de los pensionados de la Fundación.
 

Hasta el 31 de diciembre de 1993, es la Nación la responsable del pago, por servicios prestados a la Fundación San Juan de Dios, del pasivo prestacional por concepto de cesantías, reservas para pensiones y pensiones de jubilación causadas hasta esa fecha... en relación con el pago por concepto de aportes y cotizaciones al sistema integral de seguridad social, que incluye el pasivo pensional y otras obligaciones atinentes a la financiación del pago de las pensiones de la Fundación San Juan de Dios que comprende el Hospital San Juan de Dios y el Instituto Materno Infantil, causado entre el 1 de enero de 1994 y el 14 de junio de 2005, deben concurrir La Nación - Ministerio de Hacienda y Crédito Público en un porcentaje del 50%, Bogotá D.C. y la Beneficencia de Cundinamarca solidariamente con el Departamento de Cundinamarca en un porcentaje del 25% cada uno... en relación con el pago de los salarios, prestaciones sociales diferentes a pensiones, descansos e indemnizaciones, de la Fundación San Juan de Dios, causados hasta el 29 de octubre de 2001, en relación con el Hospital San Juan de Dios y los causados hasta el 14 de junio de 2005, en relación con el Instituto Materno Infantil, deben concurrir: La Nación - Ministerio de Hacienda y Crédito Público en un porcentaje del 34 %. Bogotá D.C., en el 33 % y la Beneficencia de Cundinamarca solidariamente con el Departamento de Cundinamarca en un porcentaje del 33 %. La corte otorga un plazo de 3 meses para que las entidades mencionadas, redistribuyan los porcentajes descritos, so pena de mantenerse la distribución realizada.
 

Es responsabilidad del liquidador de la Fundación San Juan de Dios en Liquidación, elaborar el cálculo actuarial de las obligaciones pensionales causadas al 31 de diciembre de 1993, antes de la culminación del proceso liquidatario. Para el efecto el Ministerio de Hacienda y Crédito Público deberá aprobar el cálculo actuarial presentado por el liquidador de la Fundación San Juan de Dios, de acuerdo con lo establecido por el artículo 10 del Decreto ley 254 de 2000.