Adopta el Plan de implementación del Sistema Penal Acusatorio en la Justicia Penal Militar en 4 fases que se desarrollarán de manera gradual y sucesiva a lo largo del territorio nacional, garantizando la continuidad de los procesos vigentes, respetando el marco fiscal de mediano plazo y el marco de gasto de mediano plazo del sector defensa, de acuerdo con los recursos que se apropien de conformidad con lo señalado en la ley. (Artículo 2.2.2.1 al 2.2.2.8).
 

Reestructura la Justicia Penal Militar y Policial, se establecen requisitos para el desempeño de sus cargos, se implementa su Fiscalía General Penal Militar y Policial, se organiza su cuerpo técnico de investigación, se señalan disposiciones sobre competencia para el tránsito al sistema penal acusatorio y para garantizar su plena operatividad en la Jurisdicción Especializada y se dictan otras disposiciones.
 

La competencia de la justicia penal militar también se extiende a casos relacionados con las conductas punibles que los miembros de la Fuerza Pública cometan en relación con un conflicto armado, o en un enfrentamiento que reúna las condiciones objetivas del Derecho Internacional Humanitario, según recientemente lo reconoció, en forma explícita, el ya referido Acto Legislativo 01 de 2015. Esta circunstancia implica también adicionales vicisitudes y preocupaciones en torno a la actuación de la justicia penal militar frente al interés de las posibles víctimas, a partir de los aspectos problemáticos comentados en los párrafos precedentes, y explica la insistencia de varios de los intervinientes para que, en caso de avalar la constitucionalidad de las normas acusadas, se declare, al menos, la exequibilidad condicionada del parágrafo 2° del artículo 114, en el sentido de extender la imposibilidad de aplicar el principio de oportunidad a los casos de graves violaciones a los derechos humanos, delitos de lesa humanidad y/o infracciones al Derecho Internacional Humanitarios, que llegaren a ser del conocimiento de esta jurisdicción especial.
 

Declara exequible, la expresión La presente ley se aplicará en lo pertinente, a los miembros de la Fuerza Pública en servicio activo o en retiro, así como al personal civil o no uniformado que desempeñe cargos en la Justicia Penal Militar y Policial, contenida en el artículo 2 de la Ley 1765 de 2015, en el entendido que la competencia de la justicia penal militar y policial se circunscribe únicamente al juzgamiento de los delitos cometidos por los miembros de la fuerza pública en servicio activo y en relación con el mismo servicio -no obstante que con posterioridad se hayan retirado del servicio, con lo cual, la Ley 1765 de 2015 aplica a los miembros de la Fuerza Pública en retiro y al personal civil o no uniformado solo en relación con las medidas de carácter laboral y administrativo en ella previstas, en cuanto las mismas les sean exigibles por razón de su vinculación a la planta de personal de los órganos de la Justicia Penal Militar y Policial.
 

La Corte concluye, que en aplicación de la regla, según la cual, cuando existan dudas probatorias sobre el vínculo inmediato entre la actividad del servicio y la conducta investigada, el asunto debe ser conocido por la Justicia Ordinaria, para el caso la Fiscalía General de la Nación, como entidad titular de la acción penal, con la función de investigar y acusar ante los jueces ordinarios. Cuando la Justicia Penal Militar asume competencia sobre un asunto que debe conocer la Justicia Ordinaria, resulta afectado el derecho al juez natural y, por ende, el debido proceso de las víctimas.