Los Organismos Genéticamente Modificados (OGM), son nuevos organismos en el ecosistema que no surgen como comúnmente aparecen los demás, por lo que hay quienes consideran que esto puede afectar la estabilidad genética de las especies, en la medida en que muchos de estos organismos, si no fuera por la intervención humana, tal vez nunca se hubieran producido. Así pues, los expertos señalan que: "El que se inserten genes que nunca habrían podido llegar de manera natural a un genoma vegetal (como genes de bacterias y de virus) hace que se pierda parte de la estabilidad estructural y bioquímica del genoma de la planta, y éste, para recuperar dicha estabilidad, deberá modificarse hasta llegar a formas más estables por medio de mutaciones pequeñas y grandes, con efectos de diferente magnitud", en principio desconocidos.