El principio de autonomía de las comunidades indígenas y afro tiene el derecho a gobernarse a sí mismas y determinar su propio destino. En el ámbito de la etnoeducación es entendida como el derecho de los grupos étnicos para desarrollar sus procesos etnoeducativos (art. 2, Decreto 804 de 1995 Por medio del cual se reglamenta la atención educativa para grupos étnicos.
 

La Corte Constitucional concede el amparo del derecho fundamental a los derechos fundamentales a la autonomía y la libre determinación de los pueblos indígenas, a la no intervención del gobierno en la esfera del gobierno indígena, al derecho de estas comunidades a guiarse por sus usos y costumbres, a la protección de su diversidad e identidad cultural mediante una educación con enfoque diferencial o etnoeducación, y a la consulta previa de las comunidades indígenas, en la acción de tutela instaurada por el señor Carlos Maca Palechor, -expediente T‑3613182-, o quien actualmente haga sus veces, en su calidad de Gobernador Mayor del Pueblo Yanacona y Representante Legal de los resguardos de Kakioka, San Juan, El Moral, El Oso, Frontino, Puertas del Maciso, Guachicono, Pancitara, Santa Bárbara, Paraíso, Nueva Argelia, Popayán, Intiyaku, San Sebastián, Santa Martha, Descanse y Ríoblanco, en contra de la Gobernación del Cauca y la Secretaría de Educación del Departamento del Cauca.
 

La jurisdicción indígena fue consagrada en el artículo 246 de la Constitución y se funda en la autonomía de los pueblos indígenas, en la diversidad étnica y cultural (art.7CP), en el respeto al pluralismo y en la dignidad humana (art.1 CP). Así mismo, también es reconocida en diversas normas del Convenio 169 de la OIT que hace parte del bloque de constitucionalidad como su artículo 9º, según el cual: En la medida en que ello sea compatible con el sistema jurídico nacional y con los derechos humanos internacionalmente reconocidos, deberán respetarse los métodos a los que los pueblos interesados ocurren tradicionalmente para la represión de los delitos cometidos por sus miembros.
 

Las comunidades indígenas son entidades territoriales que gozan de una amplia autonomía administrativa, presupuestal y financiera dentro de sus territorios, puesto que se reconoce el derecho a elegir sus propias autoridades, las que pueden ejercer funciones jurisdiccionales dentro de su ámbito territorial. No obstante, la autonomía política y jurídica reconocida a las comunidades indígenas por el constituyente, por su parte, debe ejercerse dentro de los estrictos parámetros señalados por el mismo texto constitucional. En relación con posibles interpretaciones restrictivas, la Corte Constitucional estableció reglas que tiene como objetivo la armonización de la autonomía de las comunidades indígenas y con los derechos individuales de los miembros. Las mismas buscan conciliar los dos polos en tensión y permiten avanzar en elementos que permiten fijar los límites de las parcialidades cuando toman decisiones que afectan a sus miembros.
 

La Corte Constitucional indica que las autoridades tradicionales wayúu, al gestionar recursos públicos y representar a sus comunidades, tienen derechos y deberes que deben ser respetados, en especial en aspectos relacionados con la protección de derechos fundamentales de los niños y niñas. La fragmentación y el reconocimiento indiscriminado de autoridades sin vinculación genuina con la comunidad han propiciado prácticas clientelistas y la creación de instituciones desconectadas de la realidad etnolingüística y cultural del pueblo. La Corte señala que las políticas públicas deben respetar la autonomía cultural y política de las comunidades, asegurando que la interlocución sea legítima y que las acciones de las instituciones públicas sean consecuentes con el respeto de los derechos indígenas.
 

Establece medidas requeridas para el funcionamiento de los territorios indígenas en materia ambiental y el desarrollo de las competencias ambientales de las autoridades indígenas y su coordinación efectiva con las demás autoridades y/o entidades, tendientes al reconocimiento y protección de la diversidad étnica cultural y de aquellas que propendan por garantizar la conservación, preservación, restauración, cuidado y protección del ambiente, en atención al principio de maximización de la autonomía de los pueblos indígenas.
 

La Corte amparó los derechos fundamentales a la autonomía, al autogobierno y a la identidad étnica y cultural del pueblo Arhuaco, los cuales fueron vulnerados por el Ministerio del Interior. Esa entidad inscribió en su registro a una autoridad tradicional a pesar de que conocía de la existencia de un grave conflicto interno sobre la conformidad del proceso eleccionario con el derecho propio. Esta situación, además, agravó el desencuentro al interior del pueblo Arhuaco.
 

La sentencia resuelve la impugnación de una acción de tutela interpuesta por Guillermo Manrique Berrio contra la Fiscalía Segunda Seccional de Maicao y la Notaría Única de la misma ciudad, debido a la negativa a autorizar e inscribir el registro civil de defunción de su hijo, Diomedez Farid Manrique Morrón, quien falleció violentamente. La dificultad surgió porque el cadáver fue retirado según los usos y costumbres de la etnia Wayuu por familiares maternos, impidiendo la realización de la necropsia o inspección judicial. El Tribunal de primera instancia había negado la tutela argumentando cosa juzgada, basándose en una acción similar presentada previamente por la madre del fallecido. La Corte Suprema de Justicia revocó el fallo impugnado, al considerar que no existía cosa juzgada debido a diferencias en las partes y la causa de la petición. Determinó que la negativa de la Fiscalía, al exigir la necropsia sin considerar las particularidades culturales Wayuu y a pesar de existir otras pruebas de identificación y causa de muerte, vulneraba el debido proceso del accionante y el derecho fundamental a la diversidad étnica y cultural. En consecuencia, ordenó a la Fiscalía realizar las gestiones necesarias en un plazo perentorio para expedir la autorización para el registro de defunción, respetando la identidad cultural de la comunidad Wayuu y sin anteponer barreras formales excesivas.
 

Establece las competencias ambientales de las autoridades indígenas, si bien su ejercicio es expresión del derecho a la autonomía indígena de muchos pueblos que fundamentan sus regulaciones desde la oralidad; para este Ministerio resulta fundamental que en ello las autoridades indígenas desarrollen elementos fundamentales para su articulación efectiva con otras entidades e instrumentos ambientales.